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BACKGROUND: ginseng americano (Panax quinquefolius L.) è uno dei rimedi a base di erbe più utilizzati al mondo. I suoi principali costituenti bioattivi sono le saponine triterpeniche Negozi Moncler Bologna note come ginsenosidi. Tuttavia, si sa poco ginsenoside biosintesi di ginseng americano, in particolare alla fine passi dei pathway.RESULTS: In questo studio, un quarto di 454 run sequenziamento prodotto 209.747 di alta qualità legge con una lunghezza media sequenza di 427 basi. Montaggio De novo generato 31.088 sequenze uniche contenenti 16.592 contigs e 14.496 single. Circa 93,1% del di alta qualità si legge sono stati assemblati in contigs con una copertura media di 8 volte. Un totale di 21.684 (69,8%) sequenze uniche sono stati annotati da una ricerca BLAST somiglianza nei confronti di quattro banche dati di sequenza pubbliche, e 4.097 delle sequenze uniche sono stati assegnati a specifiche vie metaboliche dal Kyoto Encyclopedia di geni e genomi. Sulla base dell'analisi bioinformatica sopra descritto, abbiamo trovato tutti gli enzimi coinvolti nella sintesi noti backbone ginsenoside, partendo da acetil-CoA attraverso la via isoprenoidi. Inoltre, per un totale di 150 citocromo P450 (CYP450) e 235 glycosyltransferase sequenze uniche sono stati trovati nella libreria 454 cDNA, alcuni dei quali codificano enzimi responsabili della conversione del backbone ginsenoside nei vari ginsenosidi. Infine, un CYP450 e quattro UDP-glicosiltransferasi sono stati selezionati come i candidati più probabili per essere coinvolti nella biosintesi ginsenoside attraverso un jasmonate metile (MeJA) esperimento inducibilità e analisi del modello di espressione tessuto-specifica basata su un real-time PCR assay.CONCLUSIONS: Noi dimostrato, Prezzi Moncler Bambino con l'assistenza dell'esperimento inducibilità MeJA e analisi pattern di espressione tessuto-specifica, tale analisi transcriptome basato su 454 pirosequenziamento è un potente strumento per determinare i geni che codificano gli enzimi responsabili della biosintesi di metaboliti secondari nelle piante non-modello. Inoltre, le etichette espresse di sequenza (EST) e sequenze uniche di questo studio forniscono una risorsa importante per la comunità scientifica che è interessata nella genetica molecolare e genomica funzionale di ginseng americano.

 

 
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